Delftse bio-informatici hebben samen met onderzoekers van het Nederlands Kanker Instituut . Antoni van Leeuwenhoek Ziekenhuis (NKI-AVL) 250 nieuwe genen gevonden die mogelijk een rol spelen bij het ontstaan van leukemie.
Delen
Om de genen in kaart te brengen die een rol spelen bij het ontstaan van leukemie (kanker van witte bloedcellen) hebben de onderzoekers tienduizend mutaties in vijfhonderd tumoren in muizen onderzocht. Na een statistische analyse identificeerden ze ruim 250 potentiële kankergenen. Een artikel hierover staat in het vooraanstaande wetenschappelijke tijdschrift Cell van 16 mei.
De tumoren waren verkregen door middel van ‘retrovirale insertiemutagenese’. Deze techniek is gebaseerd op de eigenschap van retrovirussen om hun erfelijk materiaal in te bouwen in het DNA van gastheercellen. Het ingebouwde virus-DNA beïnvloedt de activiteit van omliggende gastheergenen. Als op deze manier kankergenen, ook wel oncogenen genoemd, worden verstoord door het virus-DNA, kan dat een tumor veroorzaken.
“Oncogenen kunnen ervoor zorgen dat cellen zich ongecontroleerd vermenigvuldigen, waardoor tumoren ontstaan”, legt onderzoeker dr. Lodewyk Wessels uit. “We hebben onderzocht waar in het genoom deze potentiële kankergenen zich bevinden door gebieden in het DNA, afkomstig uit het tumorweefsel, te zoeken waar virale inserties ongewoon vaak voorkomen”.
Wessels en promovendus ir. Jeroen de Ridder, die beiden als bio-informaticus werkzaam zijn bij zowel Elektrotechniek, Wiskunde en Informatica als het NKI-AVL, hebben samen met Delftse collega prof.dr.ir. Marcel Reinders een statistische methode ontwikkeld om de data te analyseren. “We werken met datasets die bestaan uit rijen met ongeveer vijfhonderd tumoren en kolommen, waarin de drie miljard baseparen staan die samen het muizengenoom vormen. Dankzij ons ‘Kernel Convolution Framework’ konden we de relevante inserties van niet-relevante inserties onderscheiden, wat in een studie van deze omvang cruciaal is.”
Onderzoek naar het ontstaan van leukemie in muizen geeft inzicht in het ontstaan van leukemie bij de mens, meent Wessels. “De grote uitdaging is nu om de gegevens te vertalen naar therapeutische aangrijpingspunten voor de behandeling van kanker.” (TvD)
Om de genen in kaart te brengen die een rol spelen bij het ontstaan van leukemie (kanker van witte bloedcellen) hebben de onderzoekers tienduizend mutaties in vijfhonderd tumoren in muizen onderzocht. Na een statistische analyse identificeerden ze ruim 250 potentiële kankergenen. Een artikel hierover staat in het vooraanstaande wetenschappelijke tijdschrift Cell van 16 mei.
De tumoren waren verkregen door middel van ‘retrovirale insertiemutagenese’. Deze techniek is gebaseerd op de eigenschap van retrovirussen om hun erfelijk materiaal in te bouwen in het DNA van gastheercellen. Het ingebouwde virus-DNA beïnvloedt de activiteit van omliggende gastheergenen. Als op deze manier kankergenen, ook wel oncogenen genoemd, worden verstoord door het virus-DNA, kan dat een tumor veroorzaken.
“Oncogenen kunnen ervoor zorgen dat cellen zich ongecontroleerd vermenigvuldigen, waardoor tumoren ontstaan”, legt onderzoeker dr. Lodewyk Wessels uit. “We hebben onderzocht waar in het genoom deze potentiële kankergenen zich bevinden door gebieden in het DNA, afkomstig uit het tumorweefsel, te zoeken waar virale inserties ongewoon vaak voorkomen”.
Wessels en promovendus ir. Jeroen de Ridder, die beiden als bio-informaticus werkzaam zijn bij zowel Elektrotechniek, Wiskunde en Informatica als het NKI-AVL, hebben samen met Delftse collega prof.dr.ir. Marcel Reinders een statistische methode ontwikkeld om de data te analyseren. “We werken met datasets die bestaan uit rijen met ongeveer vijfhonderd tumoren en kolommen, waarin de drie miljard baseparen staan die samen het muizengenoom vormen. Dankzij ons ‘Kernel Convolution Framework’ konden we de relevante inserties van niet-relevante inserties onderscheiden, wat in een studie van deze omvang cruciaal is.”
Onderzoek naar het ontstaan van leukemie in muizen geeft inzicht in het ontstaan van leukemie bij de mens, meent Wessels. “De grote uitdaging is nu om de gegevens te vertalen naar therapeutische aangrijpingspunten voor de behandeling van kanker.” (TvD)
Comments are closed.