Onderzoekers van het Kavli Institute of Nanoscience Delft maken een doorbraak bekend in de detectie van bepaalde DNA-volgorden, zoals bijvoorbeeld viraal DNA. De uitslag is binnen een uur zichtbaar met het blote oog. “Deze methode heeft maar weinig chemicaliën nodig, en geen hightech apparatuur”, zegt onderzoeker Kasper Spoelstra. De methode maakt gebruik van CRISPR-Cas-eiwitten die een DNA-streng met uiterste precisie kunnen bewerken. Het bekendst is Cas9, dat een DNA-molecuul op een exact bepaalde hechtingsplaats doormidden knipt.
In deze studie gebruiken de onderzoekers twee andere eiwitten: Cas12a en Cas13a. Als het veelgebruikte Cas9 vergelijkbaar is met een scalpel, dan zijn dit hakselaars. Detectie van DNA-sequenties is lastig vanwege de moleculaire schaal. Spoelstra en zijn team gebruikten een slimme manier om moleculaire processen zichtbaar te maken, geïnspireerd op emulsies (die uit ontelbare piepkleine olie- en waterdruppeltjes bestaan).
Wanneer de Cas-eiwitten geen hechtingsplaats vinden, vormt zich bij toevoeging van de juiste chemicaliën een emulsie, en wordt de vloeistof troebel. Wanneer het doel-DNA (of hechtingsplaats) wél wordt aangetroffen, hakken de Cas-eiwitten het DNA in zo kleine stukjes dat er geen emulsievorming plaatsvindt, en de vloeistof dus helder blijft. Samenvattend: bij detectie van het doel-DNA blijft de vloeistof helder, anders wordt-ie troebel. De techniek werkt alleen bij DNA-strengen van langer dan 200 nanometer, schrijven de onderzoekers. Anders vormt zich geen emulsie.
Rayan Suryadikara / Science Desk Intern
Comments are closed.